潔凈室大小各異，最小的只是一個支架支撐的封閉操作間（手套式操作箱），配備成對的長及袖子根部的手套，方便操作者能夠觸及操作箱內的所有位置，另外還配有觀察窗和出入口；而大開間潔凈室（ballrooms）或成套的潔凈室中可以進行一系列的操作，可能每一個操作需要的條件都不同。潔凈室可以分為兩個區域：關鍵區和普通區，關鍵區是潔凈室中的污染物有可能直接進入生產區域的部分，其他部分稱為普通區。關鍵區可以擁有自己的微環境。潔凈室通常根據室內空氣的潔凈度進行分級，級別的測定是在靜態即潔凈室中沒有人員的狀況下。 

潔凈工作場所的分級已經有許多國家標準，被普遍采用的是美國聯邦標準209E修訂版（US Federal Standard 209 Revision E），但是這一標準及其他潔凈室的標準正在被新的國際標準化組織（ISO）14664-1所取代。這一ISO標準中的關鍵指數參見附表1，其中注明了每一個ISO級別對應的潔凈室內每一立方米空氣中允許包含的規定粒徑（或大于）的粒子數量的最大值。[注：ISO級別數越低，空氣質量越高].

ISO 14664實際上由八個部分組成，14664-1定義了前述的分級標準，其余七個部分說明測試方法等。潔凈室的管理者會詳細說明所需要的潔凈度，根據這些具體要求就可以判斷出潔凈室的ISO級別，然后潔凈室將按照規定標準（或更高的標準）建造。 

ISO標準的使用仍然源自美國聯邦標準209E，其中的級別（Class）100,000對應于ISO Class 8，Class 10,000對應ISO Class 7，Class 1000 - ISO Class 6，Class 100 - ISO Class 5，Class 10 - ISO Class 4。聯邦標準中的級別數是每一立方英尺潔凈室空氣中所含有的0.5 μm粒徑的粒子最大數。 

老的英國標準（BS 5295）仍在使用。在這個標準中，用大寫字母代表相應的級別，C對應于ISO的3級，D對應于ISO的4級，E和F對應于5級，G和H對應于6級，J和K分別對應于7和8級。 

BS/EN 12469:2000是一個重要的并行標準，該標準涉及生物工藝學，規定了微生物安全箱的性能標準。